Pred použitím akejkoľvek kontaktnej šošovky určenej pre účely optickej korekcie, alebo len ako estetického doplnku, poprípade terapeutickej pomôcky je dôležité zhodnotiť motiváciu pacienta, potreby korekcie zraku, optickú a lekársku anamnézu a ďalšie atribúty. Nemotivovaní pacienti majú tendenciu nedodržiavať predpísané metódy a správnu starostlivosť o kontaktné šošovky. Riziko možných komplikácii je tak väčšie.
Použitie kontaktných šošoviek je zbytočné a bezpredmetné u pacienta, ktorý trpí patologickým javom trvalo a nevratne poškodzujúcim videnie a zrak. Napríklad je bezúčelné aplikovať kontaktnú šošovku, ak ide o zmenu transparentnosti optických médií ako rohovka, šošovka alebo sklovec. Taktiež patológia sietnice alebo zrakovej dráhy je dôvodom, prečo kontaktné šošovky nemá zmysel aplikovať.
Problematická aplikácie býva u pacientov s poruchou tvorby sĺz a kvality slzného filmu, kedy dochádza k značnému vysychaniu povrchu oka a tak obmedzeniu znášanlivosti kontaktných šošoviek. Nositeľ by mohol pociťovať nepríjemné pocity ako pocit piesku v očiach (suché oko) a mohlo by dôjsť k značnému podráždeniu až poškodeniu rohovky.
Rovnako tak u anomálií postavenia očnej gule (mikroftalmus, endoftalmus, či ak je bulbus v protrúzii) nie je na mieste nosenie kontaktných šošoviek. Ak je na prednom segmente oka pozorovaný nejaký patologický jav, tak sa vo väčšine prípadov aplikácia šošoviek neodporúča alebo je úplne prerušená a to až do úplneho odstránenia problému.
Kontaktná šošovka sa taktiež neodporúča aplikovať u nepriechodnosti slzných ciest. Pri vaskularizácii rohovky sa šošovka vysádza až do doby, kedy príznaky odznejú a potom je potrebné sa zamyslieť nad zmenou typu, materiálu, dizajnu či dobe nosenia samotných šošoviek. Absolútnou kontraindikáciou sú glaukóm s uzavretým uhlom a chronické infekčné stavy (bakteriálne, plesňové a vírusové), dokonca aj obyčajný zápal spojiviek je dôvodom prečo šošovky na určitú dobu vysadiť alebo zmeniť typ.
Osobitnú pozornosť a zodpovednosť pri rozhodnutí o aplikácii si tiež zaslúžia pacienti len s jedným vidiacim okom a tí, ktorí si nie sú schopní bezpečne šošovku nasadiť a vybrať z oka. V tomto prípade musí byť preškolená ďalšia osoba, inak kontaktnú šošovku nemožno vydať ku korekcii a ani na iné účely. Je potrebné nájsť alternatívu korekcie zraku.
Kontraindikáciou u diabetikov je zlé hojenie defektov. Pri dekompenzovanom diabete je problémom meniaca sa hodnota dioptrií vplyvom kolísania hladiny cukru v krvi počas dňa.
Všetky kontraindikácie nosenia kontaktných šošoviek sú relatívne. Ak je niektorá kontraindikácia odstránená, pacient môže byť prehodnotený a nosenie šošoviek je možné skúsiť. Treba mať na pamäti, že úspešné upravenie stavu je takmer vždy založené na silnej indikácii.